Esta tese discute como o federalismo brasileiro promoveu, entre 1997 e 2014, iniciativas voltadas a desenvolver capacidades estatais nos municípios. Este tema foi retomado na agenda federal no primeiro governo Fernando Henrique Cardoso (1995-1998), prosseguiu nas duas gestões Lula (2003-2010) e, finalmente, no primeiro mandato de Dilma Rousseff (2011-2014). A descentralização de políticas iniciadas em 1998 constitui o contexto político e institucional que, diante das novas atribuições assumidas pelos municípios, demandam modernizar a sua gestão. Apresenta-se de que forma evolui a qualificação gerencial e administrativa nos municípios para situar que o desafio do federalismo cooperativo brasileiro possui para apoiar esses entes. A pesquisa foi organizada em três dimensões teóricas e analisou cinco casos. A primeira dimensão trata da cooperação por meio de arranjos de cooperação territorial, tendo o Comitê de Articulação Federativa (CAF), criado em 2003, como objeto de análise, pois reuniu representantes do governo federal e do municipalismo. Uma de suas áreas de ação foi o desenvolvimento de capacidades estatais municipais. A segunda dimensão aborda a cooperação federativa por meio de sistemas de políticas públicas. Comparou-se o Sistema Único de Assistência Social (SUAS), criado em 2005, como a área da educação, que é desprovida desse tipo de arranjo intergovernamental sistêmico. Na educação a análise recai sobre o Plano de Ações Articuladas (PAR), que foi instituído em 2007. O SUAS possui uma ampla legislação e normatização voltada para os entes municipais nas quais se destacam exigências de modernização dos órgãos que localmente respondem por essa política. O objetivo é comparar se sistemas de políticas são mais eficazes para promover capacidades estatais que outras modalidades de relações federativas. A terceira dimensão teórica diz respeito aos programas federais criados para apoiar a qualificação das gestões municipais. Foram selecionados dois programas: o Programa de Modernização da Administração Tributária e da Gestão de Setores Sociais Básicos (PMAT), administrado pelo BNDES desde 1997, e o Programa Nacional de Apoio à Modernização Administrativa e Fiscal dos Municípios Brasileiros (PNAFM), gerenciado pelo Ministério da Fazenda e Caixa Econômica Federal desde 2001. A análise das três dimensões mostra que, com base na experiência comparada em nível internacional e na literatura sobre federalismo e relações intergovernamentais que, diante da forma como se organizou a cooperação territorial e a implantação de programas federais no Brasil, essas duas modalidades não são rotas viáveis para apoiar a modernização das gestões municipais. A pesquisa concludes que um sistema nacional e articulado de políticas, tanto por razões teóricas como empíricas, é o tipo de institucionalidade de cooperação federativa mais adequado para promover capacidades estatais municipais em realidades como a brasileira. Nessa linha, finaliza-se a Tese propondo um modelo analítico que considera sistemas articulados de políticas como o formato mais adequado para lidar com esse desafio federativo em um contexto caracterizado pela descentralização de políticas, mas que ao mesmo tempo convive com uma enorme heterogeneidade e desigualdade de capacidades estatais entre os governos locais.