O enfoque da Nova Economia Institucional é utilizado no estudo de sistemas agroindustriais brasileiros, mas ainda há poucos trabalhos sobre as relações entre produtores rurais e indústrias processadoras. O objetivo deste estudo é aferir o alinhamento das características das transações com os modos de governança adotados na comercialização de borracha natural entre produtores rurais e indústrias de beneficiamento primário. Busca-se confrontar os resultados com as previsões da teoria da Economia dos Custos de Transação, que prevê a adoção da governança mais eficiente, contingenciada ao ambiente transacional. Esta pesquisa utiliza um enfoque pioneiro para o setor. A primeira parte consiste na exploração qualitativa das transações entre produtores rurais e usinas beneficiadoras e na descrição dos elementos que compõe o sistema agroindustrial da borracha natural no Estado de São Paulo. Os resultados desta etapa são utilizados para refinar as hipóteses da etapa quantitativa, que relacionam os modos de governança adotados aos investimentos em ativos específicos, como o plantio de seringueiras, à frequência, à incerteza e à assistência técnica associadas à transação. Os resultados, apesar das limitações devido ao tamanho pequeno da amostra, sugerem que a quantidade de borracha comercializada influi positivamente na adoção de modos de governança mais coordenados e que a recorrência das transações provavelmente está associada a contratos relacionais. A hipótese da endogeneidade é rejeitada.