O Brasil possui inúmeros desafios quanto à sua organização federativa. A falta de clareza em relação às competências dos entes e a inexistência de instâncias de pactuação são exemplos do que deve ser superado. Os sistemas de políticas públicas, como o Sistema Único de Saúde (SUS), têm se mostrado uma boa alternativa. O objetivo deste trabalho é realizar uma análise exploratória e comparativa do SUS e das discussões do Sistema Nacional de Educação (SNE). Utilizar mecanismos e experiências assertivas da saúde, como a existência de espaços bi e tripartite de pactuação, a definição clara de papéis, a regulamentação das formas de cooperação existentes no país e como atrelar os repasses aos resultados, são pontos fundamentais para avançarmos na regulamentação e consolidação de um SNE, o qual realmente contribua para a melhoria da qualidade da educação. Também é importante que todos os entes tenham como prioridades políticas a educação e a organização da governança federativa nesta área.