Em um cenário de aumento do custo assistencial, envelhecimento populacional, fragmentação dos serviços de atendimento e ampla difusão de tecnologias de informação, a integração das informações de saúde entre toda a linha de cuidado pode propiciar maior valor ao paciente e ao atendimento. É de se notar várias perdas no processo, problemas de segurança para o médico e o paciente e aumento de custos incorridos perante a falta de interoperabilidade entre todos os prestadores. O objetivo deste trabalho aplicado é identificar quais são os principais desafios da interoperabilidade nas operadoras de medicina de grupo avaliando as diferentes percepções dos médicos assistentes, gestores de unidades de atendimento assistencial e gestores de TI. Inicialmente foram identificados na literatura os principais problemas que devem ser resolvidos para que a interoperabilidade possa ocorrer. Foram elencadas questões envolvendo múltiplas terminologias, padrão de comunicação, segurança da informação, confidencialidade, integridade de dados, disponibilidade de sistemas, legislação e políticas públicas. Deste trabalho resultou uma série de perguntas que foram formatadas em uma pesquisa e enviadas a profissionais atuantes em operadoras de medicina de grupo. As percepções dos profissionais com relação aos problemas da interoperabilidade estão fortemente relacionadas a questões de segurança, privacidade e confiabilidade da informação e assuntos concernentes a arquitetura semântica e delineamentos políticos foram menos citados. Também notou-se algumas divergências de opiniões dos médicos assistentes em relação aos gestores de TI e gestores de unidade de atendimento assistencial, caracterizando um certo distanciamento destes profissionais com relação aos problemas existentes. Foi possível identificar que os desafios são grandes e de várias naturezas, mas a interoperabilidade somente ocorrerá plenamente se houver um forte direcionamento regulatório ou de política pública e se existir um agente de financiamento que patrocine a implantação dos processos de integração.